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全基因组DNA甲基化揭示鳞状细胞肺癌中的新型表观遗传特征

作者:文章来源:所内发布时间:2018-5-18 8:42:44

近日,我所刘昭前教授课题组在《BMC Genomics》杂志上发表了一篇名为“Genome-wide DNA methylation profiling reveals novel epigenetic signatures in squamous cell lung cancer”的文章。

肺癌是全世界死亡率最高的癌症之一,它有两种主要的肺癌组织类型,即非小细胞肺癌(NSCLC)和小细胞肺癌,其中鳞状细胞癌(LUSC)属于NSCLC。表观遗传学改变与癌症的发展密切相关,本文研究的目的是在全基因组范围内鉴定鳞状细胞肺癌(LUSC)的表观遗传模式。

在这篇文章中,作者通过Illumina Human Methylation 450 K BeadArrays24LUSC和配对的非肺癌(NTL)组织中进行DNA甲基化分析,并鉴定了5214个差异甲基化探针。通过整合DNA甲基化和mRNA表达数据,鉴定了449个伴随着表达改变的异常甲基化基因。 Ingenuity Pathway分析指出了与LUSC致癌作用密切相关的基因,例如ERK家族,NFKB信号通路,Hedgehog信号通路等,为了解LUSC发病机制的分子机制提供了新线索。为了验证高通量筛选的结果,作者使用56对配对的独立组织进行焦磷酸测序临床验证,并且来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库的另外343个肿瘤组织被用于进一步验证。然后,又在LUSC中鉴定了一组DNA甲基化生物标志物(CLDN1TP63TBX5TCF21ADHFE1HNF1B)。此外,作者还进行了接受者操作特征(ROC)分析以评估单独的生物标志物的表现,表明它们可能适合作为LUSC的潜在诊断生物标志物。DNA甲基化数据的等级聚类分析确定了两个肿瘤亚群,其中一个显示DNA甲基化增加。

总之,这些结果表明DNA甲基化在肺肿瘤发生中起关键作用,并且可能被提议作为诊断生物标志物。

 

原文链接:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5701423/


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