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DNA甲基化和基因表达的整合分析预测低级别胶质瘤预后

作者:李丹文章来源:所内发布时间:2018-8-25 16:05:09

近日,我所陈小平教授课题组在《Cell Physiol Biochem》杂志社发表一篇名为“Integrative Analysis of DNA Methylation and Gene Expression Identify a Three-Gene Signature for Predicting Prognosis in Lower-Grade Gliomas”的文章。

低级别的胶质瘤(LGGs)具有浸润性和内皮细胞瘤复发或进展的内在趋势。由于其高度侵入性,LGG不可能进行完整的神经外科切除术,残留肿瘤的存在通常导致复发和恶性进展。编码O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)的基因的启动子甲基化与其活性密切相关,可有效预测胶质瘤对烷化剂的反应性。在这项研究中,作者对全基因组范围的甲基化和基因表达数据进行了综合分析,希望找到低级别胶质瘤的新型预后基因。

首先,TCGA甲基化数据用于鉴定与启动子甲基化相关的预后基因。其次,探索了由启动子甲基化稳定调节的候选基因。第三,Cox比例风险回归分析用于产生预后特征,并且特征基因用于构建存活风险评分系统。

最终选择了三个基因(EMP3GSX2EMILIN3)作为标记基因。这三个特征基因用于构建存活风险评分系统。与TCGA数据集中的低风险组相比,高风险组显示出显著更差的总生存期(OS)和无进展生存期(RFS)。然后使用CGGA数据集验证这三种基因预后特征与患者存活的关联。此外,Kaplan-Meier图显示,在TCGA队列中,三基因预后特征风险在OSRFS方面显着地对II级和III级患者进行了分层。 IDH野生型胶质瘤患者的低风险组和高风险组之间也存在显着差异,表明三基因标记可能有助于预测IDH野生型胶质瘤患者的预后。

在这篇文章中,作者通过从TCGACGGA数据库中整合多维基因组数据,鉴定和验证了三基因 (EMP3, GSX2 以及EMILIN3) 预后信号,这可能有助于微调当前基于组织学肿瘤分类系统整合多维的基因组数据,并提供更好的分层用于未来的临床试验。

 

原文链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29794476


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