根据《中华人民共和国国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》的总体部署，结合国家科技、教育和人才规划纲要的具体要求，适应基础研究发展需要，着眼于推进国家自然科学基金“十二五”又好又快发展，制定本规划。
党的十七大提出，要把提高自主创新能力、建设创新型国家作为国家发展战略的核心、提高综合国力的关键，作为转变发展方式、提高国家竞争力的中心环节。十七届五中全会强调，要以科学发展为主题，以加快转变经济发展方式为主线，坚持把科技进步和创新作为加快转变经济发展方式的重要支撑。提升基础研究整体水平和原始创新能力，服务创新型国家建设，是科学基金“十二五”发展的重要战略任务。
基础研究是高新技术发展的重要源泉，是培育创新人才的摇篮，是建设先进文化的基础，是未来科技发展的内在动力。基础研究决定着自主创新的广度和深度。现代基础研究“双力驱动”特征愈加明显，从科学发现到技术应用的周期显著缩短，从更广范围和更深层次加快推进自主创新，全面提升原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新能力，必须切实加强基础研究。基础研究正在成为国际竞争前沿的战略高地。世界范围内催生科学技术革命性变革已见端倪。主要创新型国家为把握科学革命的机遇，不断加大基础研究投入，强化创新研究和人才培养，构筑经济的未来。当前我国原始创新比较匮乏，是制约国际竞争力提升的“短板”。要想在未来激烈竞争中赢得主动，必须超前部署基础研究，大幅提升我国基础科学实力和国际影响力。基础研究是国家可持续发展的动力之源。当前世界经济发展比以往任何时候都迫切需要基础研究指引未来方向。掌握经济长远发展主动权、形成长期竞争优势，为加快经济发展方式转变提供强有力的科技支撑，必须以深入的基础研究作后盾。我国经济社会发展为基础研究提供了广阔空间。必须紧紧抓住战略机遇，繁荣基础研究，为科技引领国家经济社会发展奠定坚实基础。
在党中央、国务院的亲切关怀下，在国务院有关部门和广大科学家的大力支持下，国家自然科学基金委员会认真贯彻《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020 年）》（简称《科技规划纲要》）和科学基金“十一五”发展规划，准确把握支持基础研究、坚持自由探索、发挥导向作用的战略定位，认真落实尊重科学、发扬民主、提倡竞争、促进合作、激励创新、引领未来的工作方针，始终坚持依靠专家、发扬民主、择优支持、公正合理的评审原则，着力培育创新思想和创新人才，推进科学基金制不断完善和发展。“十一五”是科学基金工作取得新的显著进展的时期。五年来，科学基金运用国家财政投入约300.4 亿元，资助各类项目9.2 万余项，支持科研人员63.3 万余人次，主渠道作用更加凸显。形成了研究项目、人才项目、环境条件项目三个系列，资助格局更加合理。建立了以《国家自然科学基金条例》（简称《条例》）为核心的行政法规和规章体系，法规制度更加完善。与国家部委、地方政府、国有企业、科研院所等建立多种合作模式，战略协作更加深入。构建了多层次、多方位、宽领域的国际（地区）合作网络和开放研究平台，合作交流更加广泛。积极营造尊重科学、公正透明、激励创新的科学基金文化氛围，文化建设理念更加清晰。科学基金科学管理能力不断增强，民主管理机制不断完善，依法管理水平不断提高，为完善国家创新体系、建设创新型国家做出了积极贡献。
面对未来挑战和机遇，必须清醒认识到，科学基金工作还不能很好适应国家经济社会发展和科技进步的更高要求。主要表现在，激励原创和培育科技制高点的战略引导有待进一步加强；统筹学科发展和稳定培养人才的政策措施有待进一步完善；落实定位和方针、推进卓越管理的实践有待进一步深入。
“十二五”是全面建设小康社会的关键时期，是深化改革开放、加快转变经济发展方式的攻坚时期，也是科学基金在新的历史起点上实现更好发展的重要时期。科学基金工作要继承优良传统，始终坚持战略定位和工作方针不动摇，坚持科学民主决策机制不动摇，坚持依法管理不动摇，坚持营造创新环境不动摇；要增强责任感和使命感，增强机遇意识和忧患意识，着眼建设创新型国家的战略全局，科学把握基础研究规律，主动适应环境变化，更加奋发有为地推进我国基础研究发展取得新的更大突破。
第一部分 总体战略
第一章 指导思想和总体思路
（一）指导思想。高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻科学发展观，全面落实国家科技、教育和人才规划纲要，准确把握科学基金战略定位，贯彻工作方针，坚持更加侧重基础、更加侧重前沿、更加侧重人才的战略导向，推动科学基金事业又好又快发展，为繁荣基础研究、建设创新型国家做出切实贡献。
（二）总体思路。“十二五”时期，科学基金工作的总体思路是，战略引导，统筹发展，完善机制，激励创新。
战略引导是在基础研究资助多元化格局中把握定位的战略需要。要把三个更加侧重贯穿科学基金评审、资助及管理始终，作为推动科学基金事业又好又快发展的战略导向。更加侧重基础，就是要不断夯实基础研究健康发展的学科基础。加强对基础学科、传统学科、薄弱学科、濒危学科的支持，关注基本的数据积累和数据库建设工作。更加侧重前沿，就是要前瞻部署和支持能够引领科技、经济和社会发展的科学前沿研究。在全面布局的基础上推进学科交叉融合，着力培育和发展新兴学科和学科生长点，努力抢占影响未来战略性新兴产业发展的科技制高点，高度关注孕育新思想、新概念的变革性研究。更加侧重人才，就是要着力打造贯穿科研职业生涯的创新人才和团队培养资助链。切实尊重创新人才成长和基础研究队伍建设规律，坚持培养后备人才和激励一线人才相结合，稳定国内人才和吸引海外人才相结合，促进领军人才成长和培育创新团队相结合，完善科学基金人才资助管理机制。
统筹发展是增强基础研究发展协调性的根本要求。要统筹兼顾科学基金各项工作，正确处理科学基金管理中的各种辩证关系，促进基础研究协调发展。处理好稳定支持与竞争择优的关系，保障潜心研究，鼓励攻坚克难。处理好全面布局与重点部署的关系，着眼整体推进，促进重点跨越。处理好营造宽松环境与加强绩效管理的关系，鼓励自由探索，强化绩效反馈。处理好依靠专家共识判断与支持非共识创新的关系，实行科学民主决策，鼓励变革创新。处理好利用国内资源与国外资源的关系，立足国内发展，扩大开放协作。处理好规范管理与分类指导的关系，遵循统一的基本规范要求，充分体现学科特点和差异性。
完善机制是科学基金又好又快发展的重要保障。健全科学基金管理体系和运行机制，切实提高激励科学家自由探索、自主创新的保障能力。完善战略规划机制，统筹把握科学前沿发展趋势和国家战略需求，坚持 “自上而下”和“自下而上”的有机结合，有效发挥科学基金作为国家战略资源的导向作用。完善决策咨询机制，充分吸纳广大科学家的战略智慧，促进科学民主决策。完善同行评审机制，持续加强专家系统建设，增强评审专家贯彻战略导向的意识和能力，进一步提升评审的公信力。完善绩效管理机制，健全符合基础研究特点和规律的评估体系，提高管理效能和使用效益。完善监督制约机制，坚持弘扬学术和伦理道德，荡涤不良学风，防范道德风险。
激励创新是科学基金支持基础研究的根本使命。着眼建设创新型国家的战略目标，不断增强把握工作规律性、推动科学发展、激励自主创新的能力。促进学科均衡协调可持续发展，不断夯实基础研究持续健康发展的创新基础。激励原始创新，支撑集成创新和引进消化吸收再创新，着力构建孕育前沿学术思想的创新平台。完善人才发现、培养、资助与评价体系，系统优化人才成长和发挥作用的创新环境。充分发挥基础研究的先导作用，为科技、经济和社会发展提供人才和知识储备，为加快转变经济发展方式提供科技支撑，为增强自主创新能力、提升国家科技竞争力作出切实贡献。
第二章 发展目标与发展战略
（三）发展目标。到2015 年，科学基金总体发展目标是，形成更具活力、更富效率、更加开放的中国特色科学基金制；推动学科均衡协调可持续发展，促进若干主流学科进入世界前列；推动高水平基础研究队伍建设，造就一批具有世界影响力的优秀科学家和创新团队；推动我国基础研究整体水平不断提升，显著增强基础研究的国际影响力和若干重要科学领域的自主创新能力，为科技引领经济社会可持续发展、加快建设创新型国家奠定坚实的科学基础。
（四）发展战略。围绕发展目标，必须统筹部署实施五项战略，一是原始创新战略，二是创新人才战略，三是开放合作战略，四是创新环境战略，五是卓越管理战略。
原始创新战略。紧密结合国家未来发展战略需求和科学前沿发展需求，加强前瞻部署。尊重科学规律，加强稳定支持，鼓励潜心研究。完善学科布局，推进学科交叉，实行适合不同学科领域特点的资助模式，夯实支撑基础研究可持续发展的学科基础。关注支持可能产生新思想、新概念的非共识创新和变革性研究，激励原创突破，实现重点跨越。
创新人才战略。着眼国家人才工作大局，坚持服务发展，创新机制，高端引领，整体推进，加强人才资助系统布局。尊重科学规律，创新科学基金人才发现遴选、评价和激励保障机制，打造科学基金人才资助培养链，营造有利于人才成长和发挥作用的良好环境。统筹各类项目资助部署，优化人才资助结构和布局，支持边远贫困地区和少数民族地区人才培养，扶持女性科技工作者健康成长。重视发挥项目研究对研究生培养的引导和促进作用。
开放合作战略。把握基础研究国际化发展特点和规律，坚持平等合作、互利双赢、立足前沿、着眼长远、突出重点、注重实效。统筹利用国内外科技资源，推进实质性合作研究，营造有利于科学家更好参与国际（地区）科学合作的开放创新环境。在加强多层次、多方位、宽领域国际合作的同时，力争在具有我国特色和优势的某些领域逐步形成以我为主的合作格局，进一步提升我国基础科学的国际地位和影响力。
创新环境战略。加强与中央其他科技管理部门、地方科技管理部门和产业界的战略协作，调动多方面发展基础研究的积极性，促进自主创新体系协同发展。坚持科学评价，增进学术包容，促进资源共享，维护科研诚信，加强科研软环境建设。加强成果集成宣示，推进科学普及，促进公众和社会理解支持基础研究发展。
卓越管理战略。积极应对科学基金发展形势，转变发展方式，提高管理水平。实行集约、简约、节约型管理，集成管理事项、统筹安排评审，优化管理程序、提供便捷服务，节省管理成本、勤俭办事办会，保障科学家安心、专心、潜心科研。加强管理干部队伍、评审专家队伍和依托单位科学基金管理队伍系统化建设。提升统筹科技资源的战略管理能力、适应学科发展规律的科学管理能力、集成科学家群体智慧的民主管理能力、守纪履职的依法管理能力。加强科学基金文化建设，健全保持公信力的长效机制，把中国特色科学基金制发展推向新阶段。
